近年来，国家层面和各地陆续出台的关于耕地保护的制度法规和文件表明，我国是农业生产大国和人口大国，耕地保护对于保障国家粮食安全意义重大，各地保护耕地的意识也在明显提升。
但与此同时，部分基层地区相关职能部门，对于因农村违建、企业擅自改变流转土地用途等违法占用、使用耕地的行为，采取“文件式”执法保护，导致耕地保护成为一句空话，反映出目前一些地方在加强耕地保护方面，仍存在不少问题。
记者在采访中发现，由于农村宅基地制度改革在我国刚起步，因制度上的缺陷造成目前农村宅基地使用管理混乱，老宅旧房退不出、拆不掉，农民新增的宅基地需求难以得到满足，导致农村违建与耕地保护之间的矛盾，也是基层国土资源部门在执法过程中遭遇的两难问题。
根据2016年4月份发布的《2015年中国国土资源公报》显示，截至2015年末，全国耕地面积为20.25亿亩，全国因建设占用、灾毁、生态退耕、农业调整等原因减少耕地面积450万亩，通过土地整治、农业结构调整等增加耕地面积351万亩，年内净减少耕地面积99万亩；全国建设用地总面积为5.78亿亩，新增建设用地760万亩。
相关专家表示，虽然目前各地通过后备土地资源开发、土地整治等手段，对减少的耕地进行了弥补。但是现实情况是，一方面全国可供开发的土地后备资源越来越少；另一方面新开发出来的耕地，因为后期管理等问题，在质量上难以得到有效保证，耕地保护形势仍然很严峻。
对于如何切实保护耕地，解决耕地保护中存在的难题和问题，部分专家认为，既要对保护耕地不力的基层政府和相关职能部门严格督查、追责，也要从源头上完善占补平衡补充耕地后期使用管理，农村宅基地使用管理等相关制度。
江西省社科院研究员尹小健表示，以通过占补平衡补充耕地的情况来说，除了要从立项、实施和验收等程序上规范相关土地开发项目的实施。同时，也要进一步明确后期具体的管护措施。
2015年，江西余江县被列为全国农村宅基地制度改革试点。余江县国土资源局局长蔡国华告诉记者，一户多宅、房屋面积大、布局朝向乱、违法建房多、私下买卖乱、空心化严重等六大问题，是农村宅基地存在的普遍问题。宅基地制度改革前，每年县里都会有六七百栋农村违建房出现。且由于执法人手不足、执法难，难以处理。
“一方面出于耕地保护考虑，对新增宅基地控制较严；另一方面供给紧张，又导致占用耕地违建的行为难以禁止。”蔡国华表示，解决农村占用耕地违建的问题，除了严厉打击以外，根本上还是要加快农村宅基地制度改革，盘活存量，加强农村建设规划。
保护耕地既要重视数量，还要重视质量。近日，国土资源部印发《关于补足耕地数量与提升耕地质量相结合落实占补平衡的指导意见》。相关专家表示，“推进耕地提质改造，以补改结合方式落实耕地占补平衡”的新政，可以说是被“逼”出来的改革措施。目的是既要保障经济建设合理用地需求，又要落实好最严格的耕地保护制度，充分发挥耕地占补平衡对工业化、城镇化建设占用耕地的补救作用，坚守耕地红线。
目前，耕地数量的保护与监管已划出了红线，可以利用信息科技手段进行监管。但是，因为农药、化肥不合理施用、耕地过分使用；新增耕地的后期培肥管护不力、基础设施不完善等问题，而造成的耕地质量下降，需要得到更多的重视。建立相应的耕地质量监测评价报告制度，以及建设监测网点的工作应尽快进行。
部分基层干部还指出，如何提高农民耕地保护意识，也是做好耕地保护工作亟须解决的问题。
“70后不愿种地、80后不会种地、90后不提种地。”江西部分地区农业局干部表示，随着经济的发展和相对收益的比较，土地对于农民的吸引力开始下降，农村耕地抛荒，也是基层干部、群众耕地保护意识弱化的重要原因。需要国家有关部门在促进农村一二三产业融合发展，提高耕地收益上采取更多有效措施，进行更多的投入。
